Existen diversas intervenciones que pueden modular la microbiota, dependiendo del contexto que estemos analizando. En agricultura, se pueden elegir prácticas de gestión que fomenten la diversidad microbiana y utilizar bioinsumos. Para mejorar el rendimiento animal, podemos utilizar probióticos. En un contexto de biorremediación, podemos gestionar los parámetros de la metodología adecuada.